本堂区是于1958年创立，当时约有1000位教友。他们是借用青草巷修道院的食堂举行周日弥撒。经过10年之久地艰辛筹款后，才准备好建筑位于现址的这间教堂。Seng Tuck Hooi 先生，一位有远见的建筑师（他是槟城第一座高楼的设计师，建了当年11层楼的Ambassador 酒店）被委任为这教堂建筑项目的建筑师。教堂于1969年落成，并由当时的杨瑞元主教祝圣。90年代，圣神大礼堂及三层楼的课室也陆续完工。
2001年，教堂暂时关闭以进行装修，为准备两年后的升格庆典。2003年，本堂升格为主教座堂，替代了前圣母升天主教座堂。升格庆典于2003年1月20日举行，并由当时的槟教区主教，Anthony Selvanayagam 主教祝圣。
现今，圣神主教座堂是由罗雅敬神父（Fr. Joachim Robert）担任本堂神父及雷米高神父 （Fr. Michael Raymond）担任副本堂神父。
